阴茎上长小痘痘可能的原因包括有过不洁性生活、皮脂腺囊肿、尖锐湿疣等。
一、不洁性生活：在进行性生活时，如果双方不注重卫生，就可能引发局部炎症反应。对此，要做好局部卫生工作，常用温水清洗局部，有助于减轻症状。
二、皮脂腺囊肿：阴囊处皮脂腺开口堵塞，皮脂内容物蓄积，可形成皮脂腺囊肿，进而导致局部出现小痘痘。可通过手术切除来治疗，比如选择微创手术或激光手术等方式。其中，微创手术具有创伤小、恢复快等优点；激光手术利用激光能量使皮脂腺囊肿气化、消除，效果也较为显著。
三、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，可通过性生活传播，通常会造成局部出现小痘痘，并伴有瘙痒症状。可采用冷冻治疗，冷冻能使局部冷却到一定温度，让病变组织失去活性从而达到去除目的。冷冻治疗具有操作简便、创伤小等特点。
此外，也不能排除阴茎上长肿瘤的可能。建议根据具体原因采取合适的治疗方案。总之，当发现阴茎上有异常时，应及时就医，明确原因后进行针对性治疗。