马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般经过规范治疗可取得较好效果。
外用药物选择
酮康唑洗剂：可用于清洗患处，它能抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时取适量洗剂涂抹在患处，轻轻揉搓后冲洗干净，一般建议每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹在皮损处，能起到抗马拉色菌的作用。每天使用1次，涂抹后轻轻按摩至吸收。
口服药物治疗
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药物，对马拉色菌有较好的抑制效果。但需要注意，肝功能异常者要谨慎使用，使用前需评估肝功能情况。一般疗程需要数周，具体需遵医嘱。氟康唑：也可用于治疗马拉色菌毛囊炎，同样要关注肝功能等情况，口服后经胃肠道吸收，分布到全身组织和体液中发挥抗真菌作用。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥：马拉色菌喜欢在温暖潮湿的环境中生长，所以要经常洗澡，保持皮肤清洁。洗澡后要及时擦干身体，尤其是容易出汗的部位，如背部、胸部等。建议每天用温水洗澡，水温不宜过高，以免刺激皮肤。衣物选择：穿着宽松、透气的棉质衣物，避免穿紧身、不透气的化纤衣物。因为化纤衣物不透气，容易使皮肤处于潮湿环境，有利于马拉色菌滋生。例如，夏季可选择纯棉的短袖、短裤等。避免搔抓：马拉色菌毛囊炎可能会引起瘙痒，但要尽量避免搔抓患处，以免抓破皮肤引起继发感染。如果瘙痒明显，可以轻轻拍打皮肤来缓解不适。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童患马拉色菌毛囊炎时，使用药物要更加谨慎。外用药物选择上要选择刺激性小的药物，口服药物需在医生严格评估后使用，因为儿童的肝肾功能发育还不完善，对药物的代谢能力与成人不同。例如，儿童使用伊曲康唑时，要根据体重等情况精确计算剂量，且要密切观察用药后的反应。孕妇患者：孕妇患马拉色菌毛囊炎时，外用药物相对更安全一些，如上述的酮康唑洗剂等可以谨慎使用，但口服药物一般不建议使用，因为口服药物可能会对胎儿产生影响，需要在医生的指导下选择合适的治疗方案，权衡利弊后进行处理。