儿童扁桃体切除可能带来一些危害。一般来说，儿童扁桃体切除后可能出现伤口感染的情况，感染几率大约在5% - 10%左右；还可能影响免疫功能，因为扁桃体是人体免疫系统的一部分，儿童时期扁桃体参与机体的细胞免疫和体液免疫，切除后短期内可能使呼吸道感染的发生率有一定程度上升，有研究显示术后1年内上呼吸道感染频率可能较术前增加20% - 30%。
伤口恢复相关危害
出血风险： 术后24小时内是原发性出血的高发时段，发生率约为1% - 5%。可能是因为手术创面的血管结扎不牢固或者患儿剧烈咳嗽等原因导致出血。如果出血量较多，可能需要再次进行止血处理。疼痛不适： 术后患儿会有不同程度的疼痛，一般会持续2 - 5天。疼痛会影响孩子的进食，有的孩子因为疼痛不敢吞咽，进而导致营养摄入不足，影响身体恢复。
免疫功能方面影响
呼吸道感染易感性增加： 扁桃体切除后，呼吸道的第一道免疫防线受到影响，儿童在术后1 - 2年内呼吸道感染的发生频率可能会比术前高。例如，正常情况下一年感冒2 - 3次的孩子，术后可能一年会感冒4 - 5次甚至更多。对全身免疫的潜在影响： 虽然目前研究表明扁桃体切除对全身免疫功能的长期影响尚不明确，但有少量研究发现，在儿童时期切除扁桃体后，部分人在青少年及成年后发生某些自身免疫性疾病的风险可能略有变化，但这种关联还需要更多长期大规模研究来证实。
其他潜在危害
言语功能影响： 对于年龄较小的儿童，尤其是3岁以下的孩子，扁桃体切除后可能会对言语发育产生一定影响。因为扁桃体在言语共鸣等方面可能有一定作用，术后可能出现发音清晰度轻度下降等情况，但这种情况一般在术后3 - 6个月会逐渐改善。心理影响： 部分儿童在术后可能会因为身体的不适、对手术的恐惧等产生心理阴影。比如有些孩子会担心再次手术或者对进食等产生抵触心理，需要家长和医生进行心理疏导来帮助孩子适应术后的状态。