藿香正气水主要用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，一般来说能在一定程度上缓解相关不适症状。
治疗外感风寒、内伤湿滞引发的感冒
缓解头痛身重：当因外感风寒、内伤湿滞出现头痛、身重困倦等症状时，藿香正气水有一定缓解作用。比如感受风寒湿邪后，身体有沉重感且头痛，服用后能在一定程度改善这种不适。减轻胸膈痞闷：对于因内伤湿滞导致的胸膈痞闷情况，藿香正气水可发挥作用，帮助舒缓胸部及胃脘部的闷塞不适之感。
应对夏伤暑湿引起的不适
缓解胃肠不适：夏伤暑湿时，很多人会出现胃肠不适，像恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。藿香正气水能对这种胃肠方面的不适起到调理作用，减轻恶心呕吐等症状。改善发热恶寒：夏伤暑湿往往还会伴有发热恶寒的表现，藿香正气水有助于缓解这种因暑湿引发的发热、怕冷等症状。
外用时的作用
缓解蚊虫叮咬不适：如果被蚊虫叮咬后局部出现红肿、瘙痒等不适，将藿香正气水少量涂抹在叮咬处，能在一定程度上减轻红肿和瘙痒感。不过要注意，皮肤有破损的地方不宜涂抹。改善痱子症状：对于因暑热引起的痱子，用温水稀释藿香正气水后擦拭长痱子的部位，可能会让痱子带来的不适有所减轻，比如瘙痒感会降低等。但如果痱子已经破溃，就不建议用了。