6岁宝宝小便两边红疼，可能与以下原因有关：
1.外阴炎：宝宝外阴部由于生理原因容易受到尿液、粪便的污染，若未及时清洗或清洁不当，可能导致细菌感染，引起外阴炎。此外，宝宝使用的尿布、纸尿裤等不透气或过敏，也可能刺激外阴皮肤，导致外阴炎。
2.尿道炎：尿道炎是由于细菌感染引起的尿道炎症。宝宝尿道口较短，且与肛门相邻，若不注意卫生，细菌容易通过尿道口上行感染，引起尿道炎。
3.过敏：宝宝接触到某些过敏原，如尿液中的尿素、粪便中的细菌等，或使用了某些过敏物质的尿布、纸尿裤等，可能引起过敏反应，导致尿道口红肿、疼痛。
4.其他：宝宝过度活动、摩擦外阴部等，也可能导致尿道口红肿、疼痛。
针对宝宝小便两边红疼的情况，可以采取以下措施：
1.保持清洁：及时为宝宝清洗外阴部，每天更换尿布或纸尿裤，保持外阴部干燥、清洁。
2.多喝水：让宝宝多喝水，增加尿量，有助于冲洗尿道，减少细菌感染的机会。
3.就医诊治：若宝宝尿道口红肿、疼痛持续不缓解或加重，或伴有发热、尿频、尿急等症状，应及时就医，医生可能会根据具体情况给予抗生素治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体治疗方法应根据宝宝的具体情况而定。如果宝宝出现小便两边红疼的情况，建议及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。同时，家长在日常生活中应注意宝宝的个人卫生，避免宝宝过度活动、摩擦外阴部等，以预防尿道口红肿、疼痛的发生。