肾结石形成的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是关键因素。例如，当尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度过高时，就容易析出形成晶体，进而发展为肾结石。一般来说，尿液中晶体物质过饱和、抑制晶体形成的物质减少以及尿液酸碱度异常等都可能促使肾结石形成。
代谢异常方面
尿液中成分过饱和： 人体新陈代谢产生的一些物质，像钙、草酸、尿酸等，如果在尿液中的浓度过高，就会超出尿液的溶解限度，从而析出形成晶体。比如，长期摄入高钙食物却饮水不足，会导致尿液中钙浓度升高，增加肾结石形成风险。正常情况下，尿液中各种成分处于平衡状态，当这种平衡被打破，就容易引发结石。抑制晶体形成物质缺乏： 人体尿液中存在一些能抑制晶体形成和聚集的物质，若这些物质缺乏，也会增加肾结石发生几率。例如一些酸性黏多糖等抑制物质减少时，晶体就更容易聚集形成结石。
局部因素影响
尿路感染影响： 泌尿系统发生感染时，细菌、脓块等会作为核心，让尿液中的晶体围绕其沉积，进而形成结石。比如患有慢性肾盂肾炎的患者，就比较容易出现肾结石，因为炎症环境改变了尿液成分和局部环境，有利于结石形成。尿路梗阻问题： 当尿路存在梗阻情况时，尿液排出不畅，会使尿液中晶体和溶质更容易沉积下来，久而久之就形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄的患者，尿液引流不畅，就增加了肾结石发生的可能性。
生活方式相关
饮水过少： 每天饮水量不足的话，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度相对升高，容易形成结石。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，而饮水少的人就更易受肾结石“青睐”。饮食不当： 长期食用高草酸食物，如菠菜、坚果等，或者高嘌呤食物，如动物内脏、海鲜等，会使尿液中草酸或尿酸含量增加，增加肾结石形成风险。例如长期大量吃菠菜，其中的草酸会在体内代谢后经尿液排出，若不能及时被稀释排出，就容易形成草酸钙结石。