怀孕三个月小腹疼可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现牵扯性疼痛。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，周边的韧带也会被拉伸，可能引起腹部疼痛。
3.其他原因：如胃肠道问题、盆腔炎、先兆流产等也可能导致小腹疼痛。
如果疼痛不严重，没有阴道流血等异常情况，可以先观察。但如果疼痛持续或加重，或伴有阴道流血、发热等症状，应及时就医。医生一般会进行详细的检查，如超声检查、血液检查等，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
在孕期，要注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态。如果出现异常情况，应及时就医，以便保障自身和胎儿的健康。