肾结石体外碎石后仍有疼痛，可能与多种因素相关。
碎石后结石移动刺激
碎石后结石在排出过程中会刺激尿路黏膜，导致疼痛。这是因为结石碎片通过输尿管等尿路结构时，会引起平滑肌痉挛，从而产生疼痛，一般这种疼痛可能会持续数天，随着结石逐渐排出，疼痛会有所缓解。
局部组织损伤
体外碎石过程中可能会对肾脏或尿路局部组织造成一定损伤，引起炎症反应，进而导致疼痛。损伤程度不同，疼痛持续时间和程度也有差异，轻度损伤引起的疼痛相对较轻且恢复较快，重度损伤可能疼痛持续时间较长。
个体差异因素
不同患者对疼痛的敏感程度不同，即使结石情况相似，疼痛感受也会有差别。一些体质较为敏感的患者可能会感觉碎石后疼痛相对明显，而耐受度高的患者疼痛感觉相对较轻。同时，患者的年龄、基础健康状况等也会影响对疼痛的感知和恢复情况，比如老年患者身体机能相对较弱，恢复可能相对慢些，疼痛持续时间可能相对长一点。
尿路梗阻未完全解除
如果碎石后结石没有完全排出，仍存在部分梗阻情况，会导致尿液引流不畅，进而引起疼痛。这种情况下疼痛可能会反复出现，需要进一步评估结石排出情况，必要时可能需要采取进一步的处理措施来解除梗阻。