关节疼痛做核磁共振可以检查出以下疾病：
1.半月板损伤：半月板是膝关节内的纤维软骨结构，核磁共振可以清晰地显示半月板的形态、完整性和信号变化，有助于诊断半月板损伤。
2.韧带损伤：膝关节的前后交叉韧带和内外侧副韧带在核磁共振上也有较好的显示，可以帮助医生判断韧带是否损伤、损伤的程度和部位。
3.滑膜炎：滑膜炎是关节滑膜的炎症，核磁共振可以检测滑膜的增厚、水肿和积液情况，对滑膜炎的诊断有重要意义。
4.软骨损伤：核磁共振对软骨损伤的诊断也有一定的帮助，可以显示软骨的变薄、缺损或信号异常。
5.骨髓水肿：骨髓水肿是骨髓内的炎症或损伤表现，核磁共振可以检测到骨髓水肿的部位和程度。
6.其他病变：核磁共振还可以用于检查关节内的其他病变，如游离体、骨肿瘤等。
需要注意的是，核磁共振检查虽然对关节疾病的诊断有很大帮助，但也有一些局限性，如对骨皮质的病变显示不如X线或CT清晰，对一些轻微的损伤或炎症可能不敏感。此外，医生在解读核磁共振结果时还需要结合临床症状、体征和其他检查结果进行综合判断。
如果出现关节疼痛，建议及时就医，医生会根据具体情况选择合适的检查方法，并结合其他检查结果制定合理的治疗方案。