做完某些医疗操作后阴茎里面会疼，可能是以下原因引起：
1.操作过程导致的损伤：某些医疗操作，如前列腺按摩、尿道器械检查等，可能会直接损伤阴茎组织，引起疼痛。
2.感染：操作过程中，如果没有严格遵守无菌原则，可能会导致细菌感染，引起阴茎炎症，导致疼痛。
3.术后反应：某些手术后，如阴茎包皮环切术、阴茎假体植入术等，术后阴茎会有一定程度的肿胀和疼痛，这是正常的术后反应。
4.其他原因：如阴茎硬结症、阴茎血管病变等，也可能导致阴茎疼痛。
如果阴茎疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、排尿困难等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定病因并进行相应的治疗。
对于一些特殊人群，如患有糖尿病、心血管疾病等的患者，阴茎疼痛的原因和治疗可能会有所不同。此外，一些药物也可能导致阴茎疼痛。因此，在进行任何医疗操作前，应告知医生自己的病史和用药情况，以便医生进行评估和处理。
总之，如果做完医疗操作后阴茎里面疼，应及时就医，以便确定病因并进行相应的治疗。同时，应注意保持阴茎清洁，避免过度刺激和性行为，以免加重疼痛和病情。