动眼神经麻痹治疗后眼睛仍然疼，可能与以下原因有关。
1.神经损伤未完全恢复：动眼神经麻痹的治疗通常需要一段时间，即使症状得到改善，神经功能的恢复也可能需要数周或数月。在恢复期间，眼睛可能仍然会感到疼痛或不适。
2.眼部肌肉问题：动眼神经支配眼部肌肉的运动，如果神经损伤导致部分肌肉功能障碍，可能会引起眼睛疼痛。
3.眼部炎症：尽管动眼神经麻痹本身可能不是炎症性的，但治疗过程中可能会引发眼部炎症，如结膜炎、角膜炎等，从而导致疼痛。
4.眼压升高：动眼神经麻痹可能影响眼部的血液循环，导致眼压升高，进而引起眼睛疼痛。
5.其他潜在问题：三叉神经痛、眶上神经痛等也可能引起类似症状。
如果动眼神经麻痹治疗后眼睛仍然疼，建议及时就医，进行详细的眼部检查和评估，以确定具体原因。医生可能会采取以下措施。
1.进一步检查：包括视力检查、眼压测量、眼部超声、神经电生理检查等，以排除其他潜在问题。
2.药物治疗：根据具体情况，医生可能会开具止痛药、消炎药、神经营养药等，以缓解疼痛和促进神经恢复。
3.针对病因治疗：如果疼痛是由于炎症引起，可能会使用抗生素或抗病毒药物；如果眼压升高，可能需要使用降眼压药物。
4.康复治疗：物理治疗、眼部训练等可能有助于恢复眼部肌肉功能和改善视力。
5.密切观察：医生会密切观察病情的变化，如果疼痛加重或出现其他新的症状，可能需要调整治疗方案。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，治疗方案应根据具体情况制定。在治疗过程中，患者应遵循医生的建议，按时用药，并注意眼部休息和保护。如果对疼痛的缓解情况有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通。