香砂六君丸与六君子丸的区别在于药物组成、功效、主治病证的不同。
1.药物组成：香砂六君丸是由木香、砂仁、党参、白术（炒）、茯苓、炙甘草、陈皮、半夏（制）、生姜、大枣组成；六君子丸是由党参、白术（麸炒）、茯苓、炙甘草、陈皮、半夏（制）组成。
2.功效：香砂六君丸具有益气健脾、和胃的功效；六君子丸具有补脾益气、燥湿化痰的功效。
3.主治病证：香砂六君丸主要用于治疗脾胃气虚、痰阻气滞所致的胃痛、痞满，症见胃痛隐隐、脘腹胀满、呕吐酸水、嘈杂不适、不思饮食、四肢倦怠；六君子丸主要用于治疗脾胃虚弱、食量不多、气虚痰多、腹胀便溏。