跑完五公里障碍后膝盖疼，可能是由以下原因引起的：
1.运动过度：五公里障碍跑对膝盖的压力较大，可能导致膝盖周围的肌肉、韧带或软骨受伤。
2.姿势不正确：跑步时姿势不正确，如膝盖内扣、过度伸直等，也会增加膝盖的压力。
3.缺乏热身和拉伸：在跑步前没有充分热身，跑步后没有进行适当的拉伸，可能导致膝盖肌肉紧张，增加受伤的风险。
4.膝关节疾病：如果本身有膝关节疾病，如半月板损伤、滑膜炎等，跑步后可能会加重疼痛。
以下是一些缓解膝盖疼痛的建议：
1.休息：停止跑步，给膝盖足够的休息时间，避免进一步损伤。
2.冰敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次，可减轻炎症和疼痛。
3.压迫：使用弹性绷带包扎膝盖，可减轻肿胀。
4.抬高患肢：将患肢抬高，高于心脏水平，有助于减轻肿胀。
5.物理治疗：可以采用热敷、按摩、超声波等物理治疗方法，缓解疼痛，促进恢复。
6.药物治疗：可以口服非甾体抗炎药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等，缓解疼痛。如果疼痛严重，可在医生的指导下使用局部麻醉药或激素药物。
7.就医：如果膝盖疼痛持续不缓解，或伴有肿胀、畸形等症状，应及时就医，进行详细的检查，如X光、磁共振成像（MRI）等，以确定损伤的程度和原因，并接受相应的治疗。
此外，为了预防膝盖疼痛的发生，可以采取以下措施：
1.逐渐增加跑步强度和距离：避免突然增加跑步的难度和距离，给膝盖足够的适应时间。
2.加强膝盖周围肌肉的锻炼：可以进行股四头肌、腘绳肌等肌肉的力量训练，增强膝盖的稳定性。
3.注意跑步姿势：保持正确的跑步姿势，避免膝盖内扣、过度伸直等。
4.充分热身和拉伸：在跑步前进行充分的热身活动，跑步后进行拉伸，放松膝盖周围的肌肉。
5.选择合适的跑鞋：选择适合自己的跑鞋，提供良好的支撑和缓冲，减少对膝盖的冲击。
6.保持健康的体重：过重会增加膝盖的负担，导致膝盖疼痛。
需要注意的是，每个人的身体状况和恢复能力不同，如果膝盖疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，以便得到更专业的治疗建议。