眨眼时眼角疼的原因可能有以下几种：
1.感染：如结膜炎、角膜炎等，可因细菌、病毒感染引起，炎症刺激会导致眨眼时眼角疼。
2.外伤：眼角部位受到外力撞击、划伤等，可导致局部组织损伤，引起疼痛。
3.倒睫：睫毛向后方生长，刺激角膜和结膜，可引起眨眼时眼角疼。
4.眦部睑缘炎：为睑缘的炎症，多因莫-阿双杆菌感染引起，可导致眼角疼痛、红肿。
5.其他：干眼症、视疲劳、麦粒肿等也可能引起眨眼时眼角疼。
针对不同原因引起的眨眼时眼角疼，治疗方法也有所不同。如果疼痛症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。同时，要注意眼部卫生，避免用眼过度，保持充足的睡眠。