小便结束时尿道刺痛，可能是尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等泌尿系统感染引起的，也可能是泌尿系统结石、肿瘤等其他疾病导致的。治疗药物需要根据具体病因来选择，因此不建议自行用药，应及时就医，进行相关检查（如尿常规、尿培养、泌尿系统超声等），明确病因后，在医生的指导下选择合适的药物治疗。以下是一些可能需要用到的药物：
1.抗生素：如果是细菌感染引起的泌尿系统炎症，如尿道炎、膀胱炎等，通常需要使用抗生素进行治疗。常用的抗生素有头孢呋辛酯、左氧氟沙星、阿莫西林等。
2.解痉药：如果尿痛较为明显，可能需要使用解痉药缓解症状，如阿托品、山莨菪碱等。
3.排石药：如果是泌尿系统结石引起的尿痛，较小的结石可能会自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。在排石过程中，可能需要使用排石药，如肾石通颗粒、排石颗粒等。
4.其他药物：如果是前列腺炎、前列腺增生等疾病引起的尿痛，可能需要使用其他药物进行治疗，如α受体阻滞剂（如特拉唑嗪）、5-α还原酶抑制剂（如非那雄胺）等。
需要注意的是，药物治疗只是针对病因的治疗，同时还需要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，保持尿道口清洁。此外，一些疾病可能需要综合治疗，如结石较大、药物治疗效果不佳时可能需要手术治疗。
总之，小便结束时尿道刺痛的原因较为复杂，治疗药物也因人而异。建议及时就医，明确病因后，在医生的指导下进行治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免过度劳累，避免食用辛辣、刺激性食物。