保护效果有限
肺结核疫苗对成人的保护效果相对有限，研究显示其对成年人肺结核的预防作用约为50%左右，不能完全抵御结核菌的感染。
接种对象有局限
主要针对新生儿等特定人群接种，对于已感染结核菌或免疫力低下的成年人等其他人群，疫苗的预防作用不显著。
疫苗研发进展缓慢
目前新的更高效肺结核疫苗的研发仍面临诸多挑战，如结核菌的复杂特性使得疫苗研发难度大，多年来新疫苗上市数量稀少。
个体差异影响效果
不同个体对接种肺结核疫苗的反应存在差异，一些免疫力较弱的人群接种后可能无法产生足够有效的免疫应答来预防肺结核。例如患有免疫缺陷疾病的人群，疫苗效果可能大打折扣。