解剖部位
上呼吸道：主要包括鼻、咽、喉。鼻腔有鼻毛可过滤空气中的较大颗粒，鼻黏膜能温暖、湿润空气并吸附灰尘等；咽是空气和食物的共同通道；喉是发声器官，同时也是呼吸道的一部分，有声带等结构。
下呼吸道：起始于气管，然后分为左右主支气管，再不断分支形成各级支气管，最终到达肺泡。气管由C形软骨环支撑，保证气道通畅，支气管进一步分支后，管壁结构逐渐变化，肺泡是气体交换的场所。
生理功能
上呼吸道：主要起过滤、加温、湿润空气的作用，例如鼻黏膜可以使吸入的冷空气加温到接近体温，同时使空气湿度增加到一定程度，利于后续下呼吸道的气体交换等生理过程。另外，上呼吸道还参与嗅觉等感觉功能，鼻黏膜内有嗅觉感受器。
下呼吸道：气管和支气管的黏膜上皮有纤毛，纤毛可以向咽喉方向摆动，将黏附的灰尘、细菌等异物排出，起到清洁气道的作用。肺泡是气体交换的关键部位，通过肺泡与毛细血管之间的气体交换，实现氧气和二氧化碳的交换，将氧气输送到血液中，同时将二氧化碳排出体外。
常见疾病及影响
上呼吸道：上呼吸道容易受到病毒、细菌等病原体的侵袭，引发感冒、咽炎、喉炎等疾病。例如普通感冒，多由鼻病毒等引起，主要症状在鼻、咽等上呼吸道部位，表现为鼻塞、流涕、咽痛等，一般全身症状相对较轻。儿童由于上呼吸道的解剖特点，如鼻腔相对狭窄、鼻黏膜柔嫩等，更容易患上呼吸道感染，且病情变化可能相对较快，需要密切关注。
下呼吸道：下呼吸道疾病相对更严重，如肺炎，可由细菌、病毒、支原体等多种病原体引起，炎症累及支气管、肺泡等下呼吸道结构，患者会出现咳嗽、咳痰、发热、呼吸困难等症状，严重时可影响气体交换，导致缺氧等严重后果。老年人由于下呼吸道的纤毛运动功能减退等生理变化，更容易发生下呼吸道感染，且感染后症状可能不典型，容易延误治疗。
防御机制差异
上呼吸道：鼻毛、鼻黏膜分泌的黏液等构成了物理和化学防御屏障，同时呼吸道黏膜表面的免疫球蛋白等参与免疫防御。例如鼻毛可以阻挡较大的灰尘颗粒进入呼吸道，鼻黏膜分泌的黏液可以黏附灰尘、细菌等，然后通过纤毛摆动等将其排出。
下呼吸道：除了有纤毛-黏液清除系统等物理防御外，肺泡巨噬细胞等参与免疫防御。肺泡巨噬细胞可以吞噬吸入的病原体等异物，起到清除病原体的作用。但是下呼吸道的防御机制相对上呼吸道来说，在一些情况下更容易受到破坏，例如长期吸烟的人群，烟草中的有害物质会损伤下呼吸道的纤毛-黏液清除系统和巨噬细胞等防御功能，增加下呼吸道感染的风险。