肾脏负担加重
高蛋白饮食会使肾脏过滤含氮废物的负担增加。正常情况下，人体摄入蛋白质后，经代谢产生尿素等含氮废物需通过肾脏排出。当高蛋白减肥法实施时，过多蛋白质代谢产生的氮废物增多，长期如此可能影响肾脏功能，尤其本身已有肾脏基础疾病的人群，风险更高。例如有研究表明，长期高蛋白摄入的人群，肾小球滤过率可能会出现异常改变的风险增加。
骨骼健康受影响
高蛋白饮食可能导致钙流失增加。蛋白质代谢过程中会产生酸性物质，为维持酸碱平衡，身体会从骨骼中摄取钙来中和酸性物质，长此以往可能使骨密度降低，增加骨质疏松的发生风险。对于女性群体，尤其是绝经后女性，本身骨量流失速度较快，高蛋白减肥法可能进一步加重骨骼健康问题。
心血管系统潜在风险
高蛋白减肥法中的高蛋白来源如果以动物蛋白为主，可能会使血液中胆固醇等脂质成分升高。比如大量摄入红肉等富含动物蛋白的食物，会导致血液中低密度脂蛋白胆固醇水平上升，增加动脉粥样硬化的风险，进而影响心血管健康。有流行病学研究发现，长期高蛋白且以动物蛋白为主的饮食模式与心血管疾病发生率的上升存在一定关联。
消化系统不适
短期内大量摄入高蛋白食物可能引起消化不良、便秘等问题。蛋白质消化需要胃酸、消化酶等参与，过多蛋白质进入胃肠道，会加重消化系统的负担，导致胃肠蠕动减慢等情况。对于一些胃肠功能较弱的人群，如老年人或本身有慢性胃炎等疾病的人，这种不适反应可能更为明显。
对代谢的不良影响
长期高蛋白减肥法可能干扰正常的代谢节律。人体的代谢是一个相对平衡的状态，高蛋白饮食打破了这种平衡，可能影响糖代谢等。例如可能会使胰岛素抵抗的风险增加，影响身体对血糖的调控能力，对于有糖尿病前期或糖尿病家族史的人群，这种影响更需警惕。
特殊人群方面：
儿童：儿童处于生长发育阶段，正常饮食中的蛋白质摄入已能满足需求，高蛋白减肥法不适合儿童，会严重影响其正常的生长发育，因为儿童的肾脏、骨骼等功能尚未完全成熟，无法承受高蛋白带来的额外负担。
老年人：老年人各器官功能逐渐衰退，肾脏功能下降、胃肠功能减弱、骨骼钙流失本身就较为明显，高蛋白减肥法会进一步加重这些器官系统的负担，增加多种健康风险。例如老年女性本身骨质疏松风险高，再加上高蛋白饮食，骨钙流失会更快，骨折风险增加。
有基础疾病人群：如本身有肾脏疾病、肝脏疾病、心血管疾病等人群，高蛋白减肥法会使原有疾病病情加重。肾脏疾病患者会加重肾脏滤过负担；肝脏疾病患者可能影响肝脏对蛋白质代谢的能力；心血管疾病患者会进一步升高血脂等指标，加重心血管病变。