怀孕40天孕囊大小约为5mm左右，但具体孕囊大小因人而异。
怀孕40天时，孕囊刚刚形成，还比较小。此时通过B超检查，可以在宫腔内看到圆形或椭圆形的孕囊回声，孕囊内可见卵黄囊。一般情况下，孕囊的大小会随着孕周的增加而逐渐增大。在怀孕5周时，孕囊的直径约为1cm；怀孕6周时，孕囊的直径约为2cm；怀孕7周时，孕囊的直径约为3cm。
需要注意的是，孕囊的大小还与受孕时间、胚胎发育情况等因素有关。如果孕囊大小与孕周不符，可能提示胚胎发育不良或存在其他问题。此外，在怀孕早期，孕囊的位置也很重要，如果孕囊位于子宫下段或宫颈内口，可能会增加流产的风险。
如果在怀孕早期发现孕囊大小异常，建议及时咨询医生，医生会根据具体情况进行进一步的检查和评估，并给出相应的建议和处理方案。同时，孕妇在孕期要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心情，有利于胚胎的发育。