南柴胡和北柴胡均为伞形科柴胡属的多年生草本植物，以干燥的根入药，具有和解表里、疏肝升阳之功效，常用于感冒发热、寒热往来、疟疾、肝郁气滞、胸肋胀痛、脱肛、子宫脱垂、月经不调等症。但在功效和应用上，两者也有一些区别：
功效：南柴胡主产于我国东北、华北、西北、华东等地区，性微寒，具有退热截疟的功效，多用于治疗感冒发热、寒热往来及疟疾等症；北柴胡主产于我国东北、华北及西北等地区，性微寒，具有疏散退热、疏肝解郁、升举阳气的功效，多用于治疗感冒发热、寒热往来、肝郁气滞、胸肋胀痛、脱肛、子宫脱垂、月经不调等症。
应用：南柴胡和北柴胡均可用于治疗感冒发热，但南柴胡的退热作用较强，多用于治疗高热不退；北柴胡的退热作用较弱，多用于治疗低热。此外，南柴胡还可用于治疗疟疾，而北柴胡则不可。在疏肝解郁方面，南柴胡和北柴胡的作用相似，但北柴胡的作用更强。在升举阳气方面，北柴胡的作用更为明显，多用于治疗中气下陷所致的脱肛、子宫脱垂等症。
需要注意的是，南柴胡和北柴胡均为中药材，使用时应遵循医嘱，不可自行增减剂量或服用时间。同时，孕妇及哺乳期妇女应慎用或禁用。