肚子疼且小便时疼痛，可能是以下原因引起：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致尿频、尿急、尿痛，同时可伴有下腹部疼痛。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。
2.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，结石可刺激尿路黏膜，引起疼痛，常伴有血尿。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
3.前列腺炎或前列腺增生：男性患者可因前列腺炎症或增生，刺激尿道和膀胱，引起小肚子痛和小便疼。可遵医嘱使用坦索罗辛、非那雄胺等药物进行治疗。
4.妇科疾病：如盆腔炎、宫颈炎等，炎症可蔓延至泌尿系统，导致小肚子痛和小便疼。可使用甲硝唑、左氧氟沙星等药物进行治疗。
5.其他：如泌尿系统肿瘤、外伤等也可引起此类症状。
如果出现肚子疼且小便疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。