精子畸形率高的原因较为复杂，可能与以下因素有关。
1.精索静脉曲张：精索静脉曲张会导致睾丸局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响精子的发生。
2.生殖道感染：附睾、输精管、精囊和前列腺等生殖道或生殖腺体的急慢性炎症都可降低精子的运动能力。
3.内分泌异常：男性正常生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致精子畸形率升高。
4.营养不良：特别是维生素和微量元素缺乏，可能会影响精子的生成和质量。
5.吸烟酗酒：吸烟和酗酒是精子的大敌，香烟中的尼古丁等通过对精子的直接和间接损伤而影响精子活力，长期酗酒会导致精子发育畸形。
6.其他因素：使用某些药物、长期接触放射性物质、阴囊局部长期高热、精索静脉曲张等，也会影响精子的质量，导致畸形率升高。
需要注意的是，精子畸形率高并不意味着一定不能生育，只是自然受孕的概率可能会降低。如果精子畸形率高，建议及时就医，进行详细的检查和评估，以确定具体的原因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、合理饮食、适量运动等，以提高精子质量。对于备孕的夫妇，建议在医生的指导下进行备孕。