牙齿最里面的肉痛肿了，可能是智齿冠周炎、牙周炎、牙龈炎等疾病引起。可以在医生的指导下使用以下药物。
1.抗生素：如甲硝唑、阿莫西林等，具有抗菌消炎的作用，可缓解疼痛和肿胀。
2.非甾体抗炎药：如布洛芬、对乙酰氨基酚等，能够缓解疼痛，但这类药物对胃肠道有一定刺激，建议饭后服用。
3.清热解毒的中成药：如牛黄解毒片、黄连上清丸等，具有清热解毒的功效，可改善牙龈肿痛的症状。
需要注意的是，药物治疗只能缓解症状，不能根治病因。在使用药物的同时，还应注意保持口腔卫生，勤刷牙，勤漱口。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，明确病因，并进行针对性治疗。此外，孕妇、哺乳期妇女及儿童应在医生的指导下使用药物。
以上内容仅供参考，如有用药需求，请在专业医生的指导下使用。