怀孕前三个月同房一般不会导致胎儿畸形，但可能会增加流产的风险。
怀孕前三个月，胎盘尚未形成，孕囊在子宫内附着尚不牢固，此时同房，阴茎对子宫的刺激可能会诱发子宫收缩，增加流产的风险。此外，由于孕激素水平较低，孕妇的阴道和子宫颈黏膜也较为脆弱，容易受细菌感染，从而引发阴道炎、宫颈炎等妇科疾病。如果炎症上行感染，还可能导致胎膜早破、早产等不良后果。
但需要注意的是，胎儿是否畸形与同房时间并无直接关系。胎儿畸形主要是由遗传因素、环境因素等多种原因导致的，与同房本身无关。如果在孕期发现胎儿畸形，应及时就医，医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
因此，为了确保孕妇和胎儿的健康，建议在怀孕前三个月尽量避免同房。如果有同房需求，也应注意动作轻柔，避免过度刺激，并注意个人卫生，保持外阴清洁。此外，在整个孕期，都应注意休息，避免过度劳累，保持心情愉悦，定期进行产前检查，以便及时发现和处理异常情况。