同房后第二天小腹疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，常见症状为下腹痛、阴道分泌物增多。腹痛为持续性，活动或性交后加重。若同房后第二天小腹疼，同时伴有发热、阴道分泌物增多等症状，应考虑盆腔炎的可能。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。子宫内膜异位症可导致盆腔粘连，在同房时刺激到病变部位，从而引起小腹疼痛。此外，子宫内膜异位症还可能导致痛经、性交痛、月经异常等症状。
3.黄体破裂：黄体破裂是妇科常见的急腹症之一，好发于14～30岁的年轻女性。正常情况下，黄体内有少量出血，但如果出血太多，就可能增加黄体内的压力，从而发生自发性破裂。黄体破裂多发生在月经周期的后一周，同房时女性的生殖器官充血，可使充血的黄体破裂，引起小腹疼痛。此外，黄体破裂还可能伴有肛门坠胀感、恶心、呕吐等症状。
4.其他原因：同房时动作过于剧烈、过猛，或女性本身存在子宫肌瘤、卵巢囊肿等疾病，也可能导致同房后第二天小腹疼。
如果同房后第二天小腹疼的症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。此外，在日常生活中，应注意保持良好的生活习惯，注意个人卫生，避免不洁性生活。