黄连上清片可能存在一些副作用，如胃肠道不适等，但具体表现因人而异。
胃肠道方面的可能反应
部分人服用后可能出现胃部不适，像恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，这是因为其成分可能对胃肠道黏膜有一定刺激，尤其本身胃肠道功能较弱的人群更易发生。
过敏相关情况
少数人可能对黄连上清片中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒、红肿等过敏表现，过敏体质者需格外留意。
对神经系统的影响
个别使用者可能有头晕、头痛等神经系统的不适感觉，不过这种情况相对较少见。
特殊人群需注意
孕妇应禁用黄连上清片，因为其中某些成分可能影响胎儿；哺乳期女性用药需谨慎，最好在医生指导下使用，以免通过乳汁影响婴儿；老年人由于身体机能衰退，对药物的耐受性和反应性与年轻人不同，使用时要密切关注自身反应，若出现不适需及时就医；有严重肝肾功能不全的患者也不适合使用，以免加重肝肾功能负担。