孕妇有霉菌孢子感染，可采取以下方法治疗：
1.一般治疗：
注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换内裤，用过的内裤、盆及毛巾均应用开水烫洗。
治疗期间应避免性生活，夫妻双方应同时接受治疗。
2.药物治疗：
克霉唑栓：阴道局部用药，对霉菌孢子有较好的抑制作用。
制霉菌素栓：同样可用于治疗霉菌孢子感染，使用方便，效果显著。
咪康唑栓：具有广谱抗真菌作用，对多种真菌有效，是治疗霉菌性阴道炎的常用药物。
需要注意的是，孕妇属于特殊人群，在使用药物治疗时应格外谨慎。应在医生的指导下选择合适的药物，并严格按照剂量和使用方法进行治疗。同时，还应注意观察治疗效果和不良反应，如有异常应及时就医。此外，孕妇在治疗期间应注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，保持心情愉悦，有助于身体的恢复。