如果水泡较小，没有破损，可以用创可贴或消毒纱布保护水泡，避免摩擦和感染。如果水泡较大，建议到医院由医生处理，医生会用消毒的针或剪刀将水泡挑破，放出积液，然后涂抹抗生素软膏，并包扎伤口。
需要注意的是，在水泡处理后，要保持伤口清洁干燥，避免沾水和感染。同时，要避免长时间站立或行走，以免加重水泡。如果伤口出现红肿、疼痛、发热等症状，可能是感染了，应及时就医。
此外，对于一些特殊人群，如糖尿病患者、免疫系统疾病患者等，水泡处理需要更加谨慎，最好在医生的指导下进行。
总之，脚穿鞋磨起来的水泡需要根据具体情况进行处理，如果处理不当，可能会导致感染和其他并发症。因此，如果出现水泡，建议及时就医或咨询专业人士。