月经推迟三天并出现咖啡色分泌物可能是以下原因导致：
1.怀孕：如果有性生活且没有采取避孕措施，月经推迟三天并出现咖啡色分泌物可能是怀孕的早期表现。受精卵着床时，可能会引起少量阴道流血，表现为咖啡色分泌物。此外，还可能伴有恶心、呕吐、乳房胀痛等症状。可以自行购买验孕棒或早孕试纸检测，也可以到医院进行血HCG检查，以明确是否怀孕。
2.内分泌失调：情绪紧张、压力过大、长期熬夜等因素可能导致内分泌失调，从而影响月经周期。此外，一些疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌失调。除了月经推迟和咖啡色分泌物外，还可能伴有其他症状，如情绪波动、面部油脂分泌过多、多毛等。
3.妇科疾病：一些妇科疾病，如宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤等，也可能导致月经推迟和咖啡色分泌物。此外，子宫内膜息肉、卵巢囊肿等也可能影响月经。
4.药物因素：一些药物，如紧急避孕药、孕激素类药物等，可能影响月经周期。如果近期服用了这些药物，也可能导致月经推迟和咖啡色分泌物。
5.其他：生活环境改变、过度节食、剧烈运动等也可能导致月经推迟。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合个人的具体情况进行分析。如果月经推迟三天并出现咖啡色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。此外，如果有性生活，还需要排除怀孕的可能。