女性上厕所的时候尿道里头有刺痛感，可能有以下三种原因：
第一，是出现了尿道的感染。由于女性尿道毗邻阴道和肛门，容易被周边细菌感染。常见的比如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌。这些细菌有特殊的鞭毛，和尿路上皮黏膜可以紧密地贴合，造成尿路上皮的充血水肿糜烂溃疡，上厕所的时候可能就会有刺痛感。根据尿常规的结果，如果尿中发现有大量的白细胞，可以给予患者喹诺酮类抗生素进行治疗。如果女生<18岁或者处在妊娠哺乳阶段，可以给予头孢类的抗生素进行治疗，比如头孢克洛。
第二，女生上厕所尿道里头刺痛的可能是见于尿道的结石，进一步的治疗就要看结石处于尿道的位置，来做相应的手术或者是操作将结石取出。
第三，有时候也见于喝水少出汗多，尿液浓缩。因为在尿中含有大量的代谢的废物，如果浓度过高也容易在排尿的时候造成刺痛感。这种情况多喝点水，一般半天、1天也就好转了。