C13和C14幽门螺杆菌检测的主要区别在于检测原理和辐射性的不同。
C13呼气试验检测的是幽门螺杆菌产生的尿素酶，无放射性，敏感性和特异性较高，适用于儿童、孕妇以及年老体弱的患者。C14呼气试验检测的是幽门螺杆菌内的尿素酶，有轻微的放射性，但辐射剂量较小，对人体基本无伤害，适用于所有需要检测幽门螺杆菌的人群。
需要注意的是，两种检测方法都需要空腹或禁食3小时以上，检查前1个月内不能使用抗生素、质子泵抑制剂等药物，否则会影响检查结果。如果检测结果为阳性，提示有幽门螺杆菌感染，需要及时就医，在医生的指导下进行四联疗法（两种抗生素+质子泵抑制剂+铋剂）进行根除治疗，以免延误病情。