新冠肺炎可能会引起扁桃体疼痛，其主要原因如下：
1.病毒感染：新冠肺炎是由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的呼吸道传染病。该病毒可以通过飞沫传播和接触传播等方式进入人体，引起上呼吸道感染，包括扁桃体炎。当病毒感染扁桃体时，扁桃体可能会肿胀、疼痛。
2.免疫反应：人体感染病毒后，免疫系统会产生免疫反应来抵抗病毒。这种免疫反应可能会导致扁桃体发炎和疼痛。
3.并发症：在某些情况下，新冠肺炎可能会导致并发症，如肺炎、急性中耳炎等。这些并发症也可能引起扁桃体疼痛。
需要注意的是，扁桃体疼痛并不一定意味着就是新冠肺炎，其他疾病如普通感冒、扁桃体炎等也可能引起类似症状。如果出现扁桃体疼痛，同时伴有发热、咳嗽、乏力等新冠肺炎症状，或者有新冠肺炎患者接触史，应及时就医，并告知医生症状和接触史，以便进行准确的诊断和治疗。
此外，保持良好的个人卫生习惯、勤洗手、戴口罩、保持社交距离等措施可以有效预防新冠肺炎的传播。如果出现呼吸道症状，应及时就医，并遵循医生的建议进行治疗。