肠结核最好的确诊方式是：综合多种检查方法，其中病理学检查是确诊的金标准。
肠结核主要由人型结核分枝杆菌引起，主要累及回盲部，其他部位如空肠、回肠、升结肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠和食管等也可受累。肠结核的诊断需要结合病史、症状、体征、实验室检查和影像学检查等综合判断。以下是一些常用的检查方法：
1.结核菌检查：包括粪便涂片抗酸染色、结核菌培养、结核菌核酸检测等。其中，结核菌培养时间较长，但阳性率较高，对诊断有重要意义。
2.血清学检查：如结核菌素试验、红细胞沉降率、C反应蛋白等，有助于辅助诊断。
3.影像学检查：X线、CT、磁共振成像（MRI）等检查有助于发现肠道病变的部位、范围和形态。
4.结肠镜检查及活检：可直接观察肠道黏膜病变，并进行活检，有助于明确诊断和病理分型。
在多种检查方法中，病理学检查具有重要意义。通过结肠镜或手术获取病变组织进行病理检查，如发现干酪样坏死性肉芽肿或查到抗酸杆菌，即可明确诊断。此外，病理检查还可帮助判断病变的严重程度和类型，为治疗提供依据。
需要注意的是，肠结核的诊断需要综合考虑多种因素，有时可能需要多次检查和综合分析。此外，对于疑似肠结核的患者，应及时就医，遵循医生的建议进行相应的检查和治疗。