新型冠状病毒的自然宿主可能是蝙蝠，中间宿主可能是穿山甲。
2020年2月2日，中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAIDEpiFlu数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本，通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究结果表明：武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入进来的，在进入华南海鲜市场之前，已经在别的地方存在，只是在市场中发生了快速传播。而引发此次疫情的新型冠状病毒的自然宿主很可能是蝙蝠，中间宿主也可能是穿山甲。
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