三岁宝宝早上起来口臭，可能与以下原因有关：
1.口腔卫生不良：如果宝宝睡前吃了食物，没有及时刷牙或漱口，食物残渣在口腔内发酵，就会产生异味。
2.消化不良：宝宝的消化系统还不完善，如果饮食不当，吃了过多的油腻、不易消化的食物，或者暴饮暴食，就可能导致消化不良，引起口臭。
3.口腔疾病：口腔溃疡、牙龈炎、牙周炎等口腔疾病也会导致口臭。
4.其他原因：宝宝如果有鼻窦炎、扁桃体炎等疾病，也可能导致口臭。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.培养良好的口腔卫生习惯：让宝宝养成早晚刷牙、饭后漱口的习惯。睡前尽量不要让宝宝吃食物。
2.调整饮食：饮食要清淡，多吃蔬菜水果，少吃油腻、辛辣、刺激性食物。避免暴饮暴食，定时定量进食。
3.治疗口腔疾病：如果宝宝有口腔疾病，要及时治疗。
4.治疗其他疾病：如果宝宝有鼻窦炎、扁桃体炎等疾病，要及时治疗。
5.多喝水：多喝水可以促进口腔内的血液循环，有助于保持口腔清洁。
如果宝宝口臭问题持续时间较长，或者伴有其他症状，如食欲不振、腹胀、腹痛等，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。