附子理中丸有一些禁忌需要注意。首先，孕妇慎用，因为附子理中丸中含附子等成分，可能对孕妇及胎儿产生一定影响。其次，感冒发热病人不宜服用，此时服用可能会加重病情或影响感冒的恢复。再者，对附子理中丸过敏者禁用，过敏体质者慎用，过敏者服用后可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应。另外，有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用，因为这类人群身体状况特殊，需要谨慎用药以避免出现不良后果。还有，儿童、哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下服用，儿童身体发育尚未完全，需特别留意药物影响；哺乳期妇女用药可能通过乳汁影响婴儿；年老体弱者身体机能相对较弱，用药需更谨慎。
