三个月小孩大拇指内扣可能是正常的，但也可能是异常的，需要结合其他情况综合判断。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常情况：
新生儿屈肌发育：在子宫内，胎儿的手部常呈握拳状，出生后，屈肌的发育相对滞后，可能导致大拇指内扣。这种情况通常会随着婴儿的成长逐渐改善。
拇指腱鞘炎：较少见，表现为拇指屈伸受限，伴有疼痛。拇指腱鞘炎可能与感染、创伤或自身免疫性疾病有关。
2.异常情况：
神经系统问题：某些神经系统疾病，如脑瘫、臂丛神经损伤等，可能导致手部肌肉无力或协调障碍，引起大拇指内扣。
其他骨骼或肌肉问题：如马蹄内翻足、髋关节发育不良等，也可能影响手部的正常姿势。
遗传因素：某些遗传疾病可能导致手部畸形。
如果宝宝三个月大时大拇指内扣，同时伴有以下情况，应及时就医：
内扣持续存在，不随时间改善。
其他手指也出现内扣或握拳困难。
手臂或手部活动减少或不对称。
有早产、低出生体重、窒息等高危因素。
家族中有类似的手部问题或遗传疾病。
医生通常会进行详细的身体检查和评估，包括神经系统检查、手部肌肉力量测试等，以确定大拇指内扣的原因。如果怀疑有神经系统或其他问题，可能会进一步进行影像学检查，如脑部MRI、神经电生理检查等。
在等待就医期间，可以继续观察宝宝的手部活动和发育情况，每天给宝宝做一些手部伸展和按摩练习，帮助促进手部的灵活性。同时，与医生保持沟通，遵循医生的建议进行进一步的检查和治疗。
需要注意的是，每个宝宝的发育情况都有所不同，如果对宝宝的手部问题有任何疑虑，最好咨询专业的儿科医生或康复专家的意见。早期诊断和干预对于确保宝宝的手部和身体正常发育非常重要。