怀孕后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：
怀孕后，尤其是孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。这可能是由于胚胎染色体异常、孕妇患有全身性疾病、内分泌失调、生殖器官畸形、过量吸烟、饮酒等原因导致。
除了褐色分泌物，还可能伴有阵发性下腹痛或腰背痛，在妊娠12周以后，子宫一般不会再增大反而出现子宫收缩痛，且疼痛的时间延长，这可能是先兆流产的发展。如果阴道流血量增多，或下腹部疼痛加剧，可能会发展为难免流产。
此时应及时就医，医生一般会进行B超检查、血β-HCG及孕酮测定等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应卧床休息，禁止性生活，必要时遵医嘱给予黄体酮、地屈孕酮等保胎药物治疗。
2.异位妊娠：
异位妊娠也称宫外孕，即受精卵在子宫体腔以外着床。宫外孕时，随着胚胎的生长，绒毛侵蚀子宫肌层及血管，会导致子宫蜕膜剥离，引起阴道出血，常为点滴状或深褐色，量少，不超过月经量。
此外，还可能伴有腹痛，其发生率在95%左右，多为一侧下腹隐痛或撕裂样痛，可伴有恶心、呕吐。如果宫外孕破裂，还会引起腹腔内出血，甚至导致失血性休克。
一旦怀疑异位妊娠，应立即就医，进行血β-HCG、孕酮、超声等检查，以明确诊断。确诊后，应根据病情选择药物保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：
葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与妊娠相关，病因尚不清楚。停经后阴道流血是葡萄胎的常见症状，多为间歇性阴道流血，量多少不定，反复发作，血液可呈暗红色或褐色。
还可能伴有子宫异常增大、变软，血清HCG水平异常升高等。超声检查可协助诊断。一旦确诊，应及时清宫，并预防性化疗。
4.其他：
宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的赘生物，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，表现为性生活或妇科检查后阴道出血，也可为褐色分泌物。
阴道炎、宫颈炎：阴道炎、宫颈炎也可能导致阴道分泌物异常，出现褐色分泌物。
其他：黏膜下子宫肌瘤、宫颈癌等也可能引起阴道出血。
总之，怀孕后出现褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视。如果同时伴有腹痛、阴道大量出血等症状，应立即就医。如果褐色分泌物持续时间较长或量较多，或伴有其他不适，也应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。