儿童自身免疫性脑炎晚上头脑清醒的原因可能与以下因素有关：
1.免疫反应的时间节律：自身免疫性脑炎是一种自身免疫反应性疾病，免疫系统可能在夜间更为活跃，导致炎症反应加剧，从而引起头脑清醒。
2.药物作用时间：用于治疗儿童自身免疫性脑炎的药物可能具有特定的作用时间，在晚上药效可能仍然存在，影响大脑功能。
3.睡眠状态的影响：儿童在睡眠时，大脑的活动和代谢会有所改变，这可能影响了免疫反应和药物的作用，导致头脑清醒。
4.潜在的神经精神症状：自身免疫性脑炎可导致多种神经精神症状，如幻觉、妄想等，这些症状可能在晚上更为明显，影响儿童的睡眠和清醒状态。
5.其他因素：个体差异、环境因素、饮食等也可能对儿童晚上头脑清醒产生影响。
需要注意的是，每个儿童的情况可能不同，具体原因需要综合考虑。对于出现晚上头脑清醒的儿童，建议及时就医，进行详细的评估和诊断。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案，并可能调整药物剂量或治疗方法。此外，保持良好的睡眠习惯、创造安静舒适的睡眠环境、合理饮食等也有助于改善儿童的睡眠质量。