怀孕三个月时肚子疼类似痛经，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起轻微的疼痛，类似于痛经。这种情况通常是正常的，无需特殊处理。
2.韧带牵拉：随着子宫的增大，子宫圆韧带、阔韧带及输卵管会被牵拉，从而引起腹部疼痛。疼痛位置多位于下腹部子宫一侧或双侧，呈牵涉痛、钝痛或隐痛，走较远的路或者变换体位时，疼痛会更加明显。如果腹痛是因为这种原因引起，通常不需要治疗，多卧床休息即可。
3.先兆流产：如果除了肚子疼，还伴有阴道流血等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.其他：怀孕期间，孕妇如果患有胃炎、胃溃疡、阑尾炎等疾病，也可能出现类似的腹痛症状。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如阴道流血、发热、恶心、呕吐等，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，均衡饮食，定期进行产前检查。