三个月的婴儿进行体检时，主要进行以下检查：
1.身体检查：
体重：测量婴儿的体重，了解其生长发育情况。
身高：测量婴儿的身高，评估其身体发育状况。
头围：测量婴儿的头围，了解其头部发育情况。
心肺听诊：检查婴儿的心肺功能，听心肺有无杂音。
腹部触诊：检查婴儿的腹部，了解腹部有无肿块等异常。
2.神经运动检查：
握持反射：检查婴儿的握持反射是否正常。
拥抱反射：检查婴儿的拥抱反射是否正常。
踏步反射：检查婴儿的踏步反射是否正常。
俯卧抬头：检查婴儿的俯卧抬头情况，了解其颈部肌肉发育情况。
3.发育评估：
视觉：观察婴儿对光的反应、追随物体的能力。
听觉：观察婴儿对声音的反应。
社交行为：观察婴儿的表情、反应、与人互动的能力。
4.血常规检查：
检查婴儿的血红蛋白、白细胞等指标，了解其是否贫血或感染。
5.其他检查：
髋关节超声：检查婴儿的髋关节发育情况，早期发现髋关节发育不良等问题。
眼病筛查：检查婴儿的眼睛，早期发现眼病。
需要注意的是，具体的检查项目可能因医院、地区和个体差异而有所不同。在进行体检前，家长可以咨询医生，了解详细的检查内容和注意事项。