宫颈囊肿主要是由宫颈腺管口狭窄或阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成。
一、生理性变化所致
宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，引起囊肿形成，这是常见的生理性情况，多见于育龄女性，一般无明显症状，通常无需特殊处理。
二、慢性炎症影响
长期的慢性炎症刺激，如宫颈炎等，会使宫颈组织发生充血、水肿，炎性细胞浸润，导致宫颈腺管口狭窄，进而引发宫颈囊肿。这类患者可能伴有白带增多等症状，需要针对炎症进行相应评估和处理。
三、宫颈损伤引发
分娩、流产、手术等造成宫颈损伤，使得宫颈腺管口受损，容易发生狭窄或阻塞，从而形成宫颈囊肿。有过相关宫颈操作史的女性需留意自身宫颈情况，定期进行妇科检查。
四、特殊人群情况
绝经后的女性由于体内激素水平变化，宫颈组织可能发生一定改变，也可能出现宫颈囊肿相关情况，不过相对育龄女性发生率可能有所不同，绝经后女性也应定期进行妇科检查监测宫颈状况。