普通肝素和低分子肝素的区别主要在于分子量、抗凝活性、半衰期、出血风险等方面，具体如下：
1.分子量：普通肝素是由葡萄糖胺、葡萄糖醛酸和未分级的硫酸乙酰肝素组成的混合物，分子量较大；低分子肝素是通过化学方法或酶解法从普通肝素中分离出来的，分子量较小。
2.抗凝活性：低分子肝素的抗凝活性较强，抗因子Xa活性与抗凝血酶III的亲和力较高；普通肝素的抗凝活性较弱，需要较大剂量才能达到抗凝效果。
3.半衰期：低分子肝素的半衰期较长，皮下注射后作用时间可持续24小时左右；普通肝素的半衰期较短，皮下注射后作用时间仅为46小时。
4.出血风险：低分子肝素的出血风险较低，血小板减少症的发生率较低；普通肝素的出血风险较高，血小板减少症的发生率较高。
5.临床应用：低分子肝素主要用于预防和治疗深静脉血栓形成、肺栓塞等血栓性疾病，也可用于血液透析、体外循环等抗凝治疗；普通肝素主要用于治疗弥散性血管内凝血、心肌梗死、心脏手术等疾病。
需要注意的是，普通肝素和低分子肝素的使用方法、剂量、不良反应等都有所不同，具体用药应在医生的指导下进行。