孕早期有褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：(1)胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。(2)孕妇内分泌失调，如黄体功能不足、甲状腺功能减退等。(3)孕妇患有全身性疾病，如严重的感染、高热等。(4)孕妇子宫畸形、宫腔粘连等。(5)孕妇受到外界不良因素的影响，如过度劳累、性生活、情绪波动等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，也称宫外孕，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，由于胚胎着床部位的血管破裂，会出现阴道少量流血，常为褐色或暗红色。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄而得名。葡萄胎患者的停经后阴道流血是常见的症状，多为间歇性少量出血，可反复多次，有时还可排出水泡样组织。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的息肉样赘生物。息肉质地脆弱，轻轻触动就会导致出血，常发生在性生活或妇科检查后。
5.其他：孕期阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致孕早期有褐色分泌物。
如果孕早期出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、孕酮、人绒毛膜促性腺激素等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。