胚胎停育的原因比较复杂，大致可分为以下几类：（一）胚胎因素：（二）母体因素：（三）父亲因素：（四）环境因素。
胚胎因素：胚胎或胎儿染色体异常是早期流产的最常见原因，约50%～60%的妊娠流产是由胚胎染色体异常引起。（一）。
母体因素：（1）全身性疾病：全身感染时高热可诱发子宫收缩导致流产；孕妇患有严重的贫血、心力衰竭、慢性肾炎或高血压等疾病，可因胎盘梗死及子宫内窘迫而发生流产。（2）内分泌异常：体内孕激素分泌不足或胎盘绒毛退行性变，可致蜕膜发育不良，影响孕卵着床和发育，导致流产。（3）免疫因素：妊娠宫内的胚胎或胎儿视为同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体。母体与胎儿之间的免疫不适应，而引起母体对胎儿的排斥。（4）子宫异常：子宫畸形、子宫黏膜下肌瘤、宫腔粘连等可影响胚胎着床和发育而导致流产。（5）创伤：孕妇的腹部受到直接撞击、性交过度或手术、过度紧张等，可引起子宫收缩而导致流产。
父亲因素：精子的质量对受精卵的发育也起着重要的作用。如果精子染色体异常或精子核不成熟，受精后容易导致早期流产。
环境因素：过多接触某些有害的化学物质（如砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等）和物理因素（如放射线、噪音及高温等），均可引起流产。
总之，胚胎停育的原因是多方面的，有些原因还不明确。一旦发生胚胎停育，需要及时就医，进行详细的检查和治疗。