打完HPV疫苗后小肚子疼，可能是以下原因引起：
1.疫苗不良反应：HPV疫苗是一种生物制品，接种后可能会引起一些不良反应，如注射部位疼痛、红肿、发热、头疼、乏力等，也可能会出现胃肠道症状，导致肚子疼。
2.心理因素：部分人在接种疫苗后，可能会因为担心疫苗的安全性、不良反应等，而出现心理紧张、焦虑等情绪，进而引起肚子疼。
3.腹部疾病：如果本身就存在腹部疾病，如盆腔炎、宫颈炎、子宫内膜异位症等，接种HPV疫苗后，可能会因为疫苗的刺激，导致肚子疼的症状加重。
4.其他：如果接种HPV疫苗后，进行了剧烈运动、性生活等，也可能会引起肚子疼。
如果打完HPV疫苗后出现小肚子疼的症状，可以先观察一段时间，注意休息，避免剧烈运动，避免食用辛辣、刺激性食物。如果肚子疼的症状持续不缓解，或者出现了其他不适症状，如发热、恶心、呕吐等，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，每个人的体质不同，对疫苗的反应也可能不同。如果打完HPV疫苗后出现任何不适症状，应及时告知医生，以便医生进行处理。同时，接种HPV疫苗并不能完全预防宫颈癌，还需要定期进行宫颈癌筛查，以早期发现和治疗宫颈癌前病变。