阴茎上长了两个小水泡，可能是以下几种疾病：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。生殖器疱疹的水疱通常会在数天内破裂、结痂，伴有疼痛、瘙痒等症状。此外，患者还可能出现发热、头痛、肌肉疼痛等全身症状。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣通常表现为外生殖器或肛门周围的疣状赘生物，质地柔软，表面粗糙。HPV还可能引起宫颈癌、肛门癌等疾病。
3.梅毒：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播。梅毒的早期症状包括外生殖器的溃疡或丘疹，称为硬下疳。随着病情的进展，患者可能会出现全身症状，如发热、头痛、关节疼痛等。
4.其他：阴茎上长小水泡还可能是其他疾病的表现，如过敏、感染、损伤等。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体诊断需要结合患者的病史、症状、体征以及实验室检查结果来确定。如果发现阴茎上长了小水泡，应及时就医，进行相关检查和治疗。同时，应避免不洁性行为，注意个人卫生，以预防疾病的传播。