甲亢的常用药物有丙硫氧嘧啶、甲巯咪唑等。
丙硫氧嘧啶：能抑制甲状腺内过氧化物酶，阻止甲状腺内酪氨酸碘化及碘化酪氨酸的缩合，从而抑制甲状腺素的合成。但丙硫氧嘧啶可透过胎盘并能经乳汁分泌，孕妇及哺乳期妇女慎用。
甲巯咪唑：可通过抑制甲状腺内过氧化物酶，从而阻碍吸聚到甲状腺内碘化物的氧化及酪氨酸的偶联，阻碍甲状腺素（T4）和三碘甲状腺原氨酸（T3）的合成。甲巯咪唑的血浆蛋白结合率高达80%～90%，但该药的蛋白结合受血清中甲状腺结合球蛋白（TBG）的影响，因此在有高TBG血症时，会使游离T4增加，而有低TBG血症时，则会使游离T4减少。甲巯咪唑可由乳汁分泌，哺乳期妇女禁用。
除了上述两种药物外，治疗甲亢还可能会用到复方碘口服液、β肾上腺素能阻滞剂等药物。需要注意的是，具体的用药需要在医生的指导下进行，并且在用药期间需要定期复查血常规和肝功能，以便及时发现并处理可能出现的不良反应。