大便出血肛门有时痛有时不痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因及建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。急性肛裂可通过调整饮食、软化大便、局部外用药物等保守方法治疗；陈旧性肛裂常需手术治疗。
2.内痔：内痔发生出血时，表现为便后滴血或喷射状出血，内痔部分发生水肿或血栓形成时会伴有疼痛。内痔的治疗方法包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。
3.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤都可能引起大便出血，同时伴有肛门疼痛或其他症状。早期肿瘤往往没有明显症状，中晚期则会出现大便习惯改变、大便性状改变、腹痛、腹胀、贫血等症状。肛管或直肠肿瘤的治疗方法主要包括手术治疗、放疗、化疗、靶向治疗等。
4.其他：肛门周围的炎症、损伤、肛瘘等也可能引起大便出血和肛门疼痛。
如果出现大便出血肛门有时痛有时不痛的症状，建议及时就医，进行详细的检查，如肛门指诊、肛门镜检查、结肠镜检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持肛门局部清洁，避免久坐、久站，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，避免便秘和腹泻。