眼睛里面长了小水泡，可能是由多种原因引起的，如感染、过敏、自身免疫性疾病等。治疗方法因病因而异，以下是一些可能的治疗药物：
1.抗病毒药物：如果小水泡是由病毒感染引起的，如单纯疱疹病毒性角膜炎，医生可能会开处方抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦等。这些药物可以抑制病毒复制，减轻症状。
2.抗生素：如果小水泡是由细菌感染引起的，如结膜炎，医生可能会开抗生素眼药水或眼膏，如左氧氟沙星、妥布霉素等。这些药物可以杀死细菌，控制感染。
3.抗过敏药物：如果小水泡是由过敏引起的，如过敏性结膜炎，医生可能会开抗过敏药物，如氯雷他定、扑尔敏等。这些药物可以减轻过敏反应，缓解症状。
4.免疫抑制剂：如果小水泡是由自身免疫性疾病引起的，如巩膜炎，医生可能会开免疫抑制剂，如泼尼松、环磷酰胺等。这些药物可以抑制免疫反应，减轻炎症。
5.人工泪液：如果小水泡是由于眼睛干涩引起的，医生可能会开人工泪液，如玻璃酸钠、聚乙烯醇等。这些药物可以滋润眼睛，缓解症状。
需要注意的是，以上药物均需在医生的指导下使用，不可自行用药。此外，对于一些严重的眼部疾病，如角膜炎、巩膜炎等，可能需要住院治疗。
同时，对于以下特殊人群，使用药物时需要特别注意：
1.孕妇和哺乳期妇女：在使用任何药物之前，应咨询医生，以确保药物对胎儿或婴儿的安全性。
2.儿童：儿童的眼部结构和生理功能与成人不同，使用药物时需要特别谨慎，应按照医生的建议使用适当的剂量和剂型。
3.老年人：老年人的身体机能可能会下降，对药物的代谢和排泄能力也可能会减弱，因此使用药物时需要特别注意剂量和不良反应。
4.患有其他疾病的人群：如果患有其他疾病，如糖尿病、高血压、心脏病等，使用药物时需要特别注意与其他药物的相互作用，以及对这些疾病的影响。
总之，如果发现眼睛里面长了小水泡，应及时就医，明确诊断，在医生的指导下选择合适的治疗药物。同时，应注意眼部卫生，避免揉眼，避免用眼过度，保持充足的睡眠。